• К Джудит Хоаг не обращались с предложением сыграть Эйприл в сиквелах этого фильма из-за того, что на съёмках она постоянно жаловалась на шестидневную рабочую неделю и обилие в фильме сцен насилия.
• Чтобы скрыть, какими на самом деле громоздкими были костюмы черепашек, сцены диалогов снимали на скорости 23 кадра в секунду, так что когда их затем проигрывали на обычной скорости 24 кадра в секунду, они смотрелись более отчётливо. По этой же причине сцены боёв снимали на скорости 22 или 23 кадра в секунду.
• В сценарии было прописано, что мальчик от побоев умер, но поступили возражения от комиссии по рейтингам, и в последний момент в сцену были добавлены звуки дыхания и слова о том, что мальчик поправится. Во французской версии фильма мальчик всё-таки умирает.
• Поначалу режиссёр Стив Бэррон хотел сделать комбинезон Эйприл похожим на те, которые можно увидеть в ранних комиксах и в мультсериале «Черепашки мутанты ниндзя» (1987-1996). Предполагалось, что её внешний вид будет более напоминать образ Эйприл в мультсериале (жёлтый комбинезон и большая шапка рыжих волос, в противовес зелёному комбинезону и каштановым волосам). Исполнительница роли Эйприл актриса Джудит Хоаг идею такого комбинезона раскритиковала, и от неё отказались. В начале фильма Эйприл показана в плаще жёлтого цвета (это отсылка к жёлтому комбинезону из мультсериала).
• По словам Кори Фельдмана, за озвучивание ему предложили всего $1 500. Фельдман предложение принял, доверившись продюсеру, который ему сообщил, что речь идёт о низкобюджетном независимом фильме, который, добьётся хотя бы относительного успеха после выхода на видеокассетах. Фильм сделал в кинотеатрах огромную кассу.
• Куклой Сплинтером управляли три человека. Движениями управлял в целом Кевин Клэш, тогда как выражениями лица дистанционно управлял второй кукловод, а движениями рук – третий.
• Черепашки как таковые были созданы мастерской Джима Хенсона в Лондоне. Сначала их сделали из стеклопластика, затем они были слеплены из глины, после чего сделаны из латекса. Весь процесс занял 18 недель.
• После того как были сделаны эскизы, на территории студии были созданы некоторые декорации. Возникли некоторые проблемы с люками, которые вели в обитель черепашек-ниндзя, так как комнату пришлось сооружать прямо под декорациями, а снизу начала поступать вода.
• Некоторые сцены сняли в Нью-Йорке среди «визитных карточек» города – как, например, Таймс-сквер, небоскрёб Эмпайр-стейт-билдинг и река Гудзон, но значительная часть съёмок прошла на студии в Северной Каролине, где были созданы декорации крыш Нью-Йорка. Художники картины Рэй Форж Смит (1929-2017) и Гари Уисснер (1964-2001) перед началом съёмок провели четыре месяца в Нью-Йорке, фотографируя крыши и другие локации. Кроме того, им было позволено спуститься на заброшенную ветку подземки в Бруклине, т.к. в городскую канализацию спускаться им не разрешили. Кроме того, они посетили гидротехнический туннель, из которого выходили огромного диаметра трубы.
• В конце фильма персонаж Сэма Рокуэлла говорит полиции, что они найдут улики в здании на острове Лэрдман. Это отсылка к создателям Черепашек — Кевину Истмэну и Питеру Лэрду.